На каком этапе внесения программы в Реестр отечественного ПО можно внести в нее изменения и какие именно изменения?

На внесение в Реестр необходимо подавать завершенный программный продукт. После подачи Заявления данные в нем изменить не получится.

Но уже после включения программы в реестр, можно будет внести изменения в программу и затем в Реестровую запись с помощью отдельного Заявления или Уведомления через сайт Реестра ПО. В целом Реестр поощряет улучшение продуктов. Но при изменениях должны соблюдаться все требования Реестра ПО, в том числе в части используемых сторонних компонентов.

• Посмотреть, какие данные можно изменить, можно на сайте: https://reestr.digital.gov.ru/personal/applicant/correction/— Нужно выбрать "Заявление о внесении изменений в сведения о ПО" или "Уведомление об изменении сведений о ПО"— Затем в верхнем меню "Подать Заявление".— После этого ввести реестровый номер и посмотреть, какие изменения доступны;
• Если Продукт изменяется так, что теперь он относится к другому классу https://normativ.kontur.ru/document?moduleId=1&documentId=449250, то Правообладатель должен зафиксировать такое изменение в Реестре ПО. Например, если относился к классу "Текстовые редактором 06.11", а вырос до "Офисные пакеты 06.03";
• В случае внесения изменений в ПО предоставляется на экспертизу — обновленный экземпляр ПО,— техническая документация,изменяются данные на информационной странице Продукта (на сайте Правообладателя), а также Реестр вправе запросить документы, подтверждающие вносимые изменения в Продукт (например, Приказ о доработке ПО со служебным заданием и Актом приема-передачи, и/или Договор на доработку Продукта с Актом приема передачи...).
• Данные, по которым Правообладатель должен вносить изменения в Реестр ПО посредством подачи Уведомления или Заявления об изменениях приведены в пункте 30 Правил формирования и ведения Реестра ПО.

Внести Вашу программу в Реестр или внести в нее изменения можно здесь.