Мы разработали программу. Как лучше ее назвать: на кириллице или латинице?

Если вы не планируете регистрировать название программы как товарный знак, то лучше, конечно, в этом случае использовать русский язык.

Если название незарегистрированной как товарный знак программы идет, например, в публичной информации на английском, то тут же стоит указать ее перевод. 

А если я не хочу это делать?

Тогда есть риск нарушения законодательных требований по предоставлению информации на государственном языке РФ (статья 10.1 Закона «О защите прав потребителей»). Контролирующие инстанции могут потенциально привлечь к ответственности тех, кто, работая с гражданами, не соблюдает данное правило. Подробнее о ситуации можно прочитать здесь.

Это действует даже для международного софта?

Да.

Предоставление информации на русском языке для своих клиентов — это общеобязательное правило для фирм, работающих для россиян.

А если я хочу использовать латиницу?

В этом случае — лучше зарегистрировать название своей программы как товарный знак. Это обезопасит ваше дело от возможных неблагоприятных последствий.

Кстати, если вы думаете, что для наименования программы на латинице будет достаточно лишь задепонировать софт в Роспатенте, то это ошибка. Регистрация ПО в ведомстве защитит ваши авторские права на созданный код. На название — это положение не распространяется. 

Какие компании уже зарегистрировали наименование своих ПО на английском как товарные знаки?

Например, это Акционерное общество «Информационные технологии и коммуникационные системы» (они зарегистрировали товарный знак ViPNet в разных вариациях), ООО «Доктор Веб» (посмотреть их бренды можно здесь, здесь и здесь), ООО «Новые облачные технологии» (их бренд можно увидеть, например, здесь).